酵母菌有两种呼吸方式：
1、可以进行有氧呼吸有氧呼吸的第一阶段的场所是细胞质基质，第二、三阶段的呼吸场所是线粒体。
2、是可以进行无氧呼吸无氧呼吸的呼吸场所是在细胞质基质中。
酵母(saccharomyce)是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母克隆载体的种类也很多。
酵母菌也有质粒存在，这种2μm长的质粒称为2μm质粒，约6300bp。这种质粒至少有一段时间存在于细胞核内染色体以外，利用2μm质粒和大肠杆菌中的质粒可以构建成能穿梭于细菌与酵母菌细胞之间的穿梭质粒。酵母克隆载体都是在这个基础上构建的。
